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Procedure detail

This feature allows you to view the data of the selected procedure, including the documents related to the announcement, or related to the documents that are required to competitors. Click on "Lots" you can view the detailed information on the lots included in the procedure.
LAST UPDATE ON 05/09/2024

Section Contracting authority

UNIVERSITA' DEGLI STUDI DI PALERMO- AREA AFFARI GENERALI E CENTRALE ACQUISTI
MARTINELLI GIORGIO

Section General data

Fornitura di servizio di sequenziamento di acidi nucleici (sequenziamento genomico, sequenziamento di trascrittomi, sequenziamento di metagenomi) nell'ambito del progetto finalizzato alla creazione di un Centro Nazionale sulla TEMATICA DELLA BIO-DIVERSITA' SPOKE 1 MILESTONE 14 WP 1 - Codice identificativo CN00000033, CUP B73C22000790001 - CIG : B2B8A51CD8 - CUP : B73C22000790001
Servizi
Procedura ristretta
Prezzo più basso
450.000,00 €
450.000,00 €
07/08/2024
09/09/2024 by 23:59
G51317
In aggiudicazione

Section Tender documentation

Section Documentation required to competitors

Prequalification envelope

Section Communications from the contracting authority

  • Published on 05/09/2024
    Ulteriore comunicazione specifiche servizio di sequenziamento - Ad ulteriore integrazione delle informazioni già fornite, ai fini di una maggiore intellegibilità delle modalità del servizio da fornire, si offrono di seguito le seguenti aggiuntive indicazioni, con specifico riferimento ai singoli punti della precedente comunicazione del 03/09/2024: - punto 1 d: D: Quante SMRT-cell su piattaforma PacBio Sequel IIe o Revio, devono essere sequenziate in totale? quanti campioni per SMRT-cell? R: Per il sequenziamento genomico si stima 1 campione per SMRT Cell 8M. E' previsto il sequenziamento di circa 15 campioni. - punto 2 a: D: Le librerie dovranno avere approccio con coda polyA oppure con ribodeplezione? in questo caso potete indicare la specie dell'organismo? R: Le librerie dovranno avere approccio polyA tailing - punto 2 b: D: Quante SMRT-cell su piattaforma PacBio Sequel IIe o Revio, devono essere sequenziate in totale? quanti campioni per SMRT-cell? R: Per full-length RNA sequencing si stimano 5 campioni per SMRT Cell 8M. previsto il sequenziamento di circa 15 campioni. - punto 3: D: Sequenziamento di metagenomi a. Potete anche indicare quanti milioni di frammenti e gb a campione sono richiesti? R: Sequenziamento 16S (amplicon sequencing) per una resa di circa 250000 reads a campione. - Punto 3 b: D: Per quanti campioni è richiesta la preparazione di librerie genomiche? Potete anche indicare quanti milioni di frammenti e gb a campione sono richiesti? oppure quante lane Novaseq X Plus sono richieste? R: Si stima la sintesi di un numero di librerie genomiche da 100 a 300. Per il sequenziamento, il numero di Gb richiesti a campione sarà variabile a seconda delle dimensioni del genoma della specie di appartenenza. In totale per il sequenziamento sono previsti 30 Tb, corrispondenti a circa 10 flowcell 10B (150PE) NovaseqX. Domande extra: I campioni saranno spediti in un unico batch o sono previsti più invii? E, la consegna dei dati prevista è tramite piattaforma cloud o FTP. Oppure, avete necessità di un altro tipo di invio dei dati? R: Si prevede l'invio dei campioni in più batch. Piattaforma cloud o FTP per l'invio dei dati vanno bene.
  • Published on 03/09/2024
    Comunicazione specifiche servizio di sequenziamento - Ad integrazione delle informazioni già fornite con l Avviso di partecipazione alla presente gara per la fornitura del servizio di sequenziamento di acidi nucleici (sequenziamento genomico, sequenziamento di trascrittomi, sequenziamento di metagenomi), si forniscono le seguenti indicazioni: 1. Sequenziamento genomico a. Da 100 a 300 campioni: Preparazione di librerie genomiche Illumina con disponibilità di dual-index b. Da 300 a 600 campioni: Sequenziamento di librerie Illumina (incluse user prepared libraries) con strategia di sequenziamento 150 paired-end per un output complessivo di 30 Tb di dati. c. Circa n 15 campioni: Estrazione DNA HMW e preparazione di librerie HiFi per sequenziamento PacBio SMRT. d. Circa n 15 campioni: Sequenziamento SMRT-cell su piattaforma PacBio Sequel IIe o Revio. 2. Sequenziamento di trascrittomi a. Circa n 100 campioni: Preparazione di librerie strand specific per RNA-seq da RNA eucariotico e sequenziamento su piattaforma NovaSeq X (25 M reads/campione). b. Circa n 15 campioni: Iso-seq sequencing (Sequenziamento di trascritti full-length) tramite tecnologia PacBio SMRT. Questo include preparazione di librerie da RNA e loro sequenziamento su piattaforma PacBioSequel IIe o Revio 3. Sequenziamento di metagenomi a. Da 50 a100 campioni: 16S Amplicon sequencing (regione V3-V4). Questo include la preparazione di librarie di ampliconi tramite lutilizzo dei primer universali per la regione V3-V4 del 16S rRNA e sequenziamento su piattaforme Illumina con strategia di sequenziamento 250 paired-end. Inoltre, si comunica che: 1. No, non è richiesta analisi bioinformatica. 2. Che trattasi di Research Use Only. 3. Che, con riferimento ai Circa n 15 campioni: Estrazione DNA HMW e preparazione di librerie HiFi per sequenziamento PacBio SMRT, è richiesta anche la purificazione dei campioni (DNA e RNA).

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